農民の医療費、入院費などにに対して補助を行う医療保険制度。2003年5月から実施された。2000年からは都市部の労働者を中心とする労働医療保険が実施されているが、人口の3分の2を占める農民は対象外となっていた。
かつて合作医療制度は1950年代から多くの農村で実施され普及したが、改革開放による農村経済の激変で解体したため、ほとんどの農民は病気になっても治療さえ受けられない状態に陥った。非典（SARS）の流行時には、出稼ぎ農民が治療費支払い請求を恐れて診察を拒むことも多く、大きな社会問題となった。
このように非典の流行、さらには農村における高齢化社会の到来が迫りつつある中で、農村の医療制度の改善が急務となり、「新型農村合作医療制度」として復活した。
合作医療制度の資金調達は、①個人納付、②地域扶持、③政府補助の原則に基づいて行われる。労働社会保障部の2004年9月の発表によると、すでに9500万の農村人口をカバーしたとしている。